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filesize() 関数はLinux系では2GB以上のファイルサイズは以下のようにWarningが出ます。
Warning: filesize(): stat failed for file in php on line 112
また、正常にファイルサイズを返さないこともあるようです。
以下のようにすることで解決します。
$size = exec('stat -c %s '.$file);