composer.json, composer.lock を Git に含めていて、サーバとも同期している場合、実環境と異なる状態になり、新たにプラグインを入れたりアップデートする際にエラーになって困ります。
その場合は以下を試すと幸せになれるかもしれません。
bin/console eccube:composer:require-already-installed
composer.lock に基づいてインストール
composer install
composer.json に基づいてアップデート
composer update