clock.nc.fukuoka-u.ac.jp は良く例として提示されていますが、混雑気味なので他を利用しましょう。
個人的にお勧めはhttp://www.jst.mfeed.ad.jp/です。

ntpサーバの構築はこちら

強制的に指定の時刻に合わせる場合

# date -s 12:00:00

手動で指定のntpサーバに合わせる場合

# /usr/sbin/ntpdate -b ntp.jst.mfeed.ad.jp

ハードウェアクロックもシステムクロックに合わせておく

# /sbin/hwclock --systohc

定期的に合わせる場合

# crontab -e

毎時0分に実行

0 * * * * /usr/sbin/ntpdate -b ntp.jst.mfeed.ad.jp > /dev/null 2>&1

NTPリフレクション攻撃を防ぐ

monlist機能を悪用してDDoS攻撃の踏み台にされるおそれがあります。
restrictを追加して防ぐ方法もありますが、面倒そうなので、monlist機能自体を停止しちゃいましょう。

/etc/ntp.conf に次の1行を追加

disable monitor

参考:ntpd の monlist 機能を使った DDoS 攻撃に関する注意喚起


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